'Jacobs vlucht' schildert een intiem en indrukwekkend portret van vier generaties van één familie, op de vlucht vanwege hun geloof. De vader van de oude Jacob Rolandus bekeert zich rond 1560 tot de nieuwe (gereformeerde) godsdienst en moet als gevolg daarvan met zijn vrouw en zoon Jacob vluchten voor Alva. Jacob blijkt een begaafde jongen die, na studies in Antwerpen en Bazel, een vooraanstaand predikant wordt in Amsterdam. Hij maakt naam als vertaler van de Statenbijbel, de eerste officiële Nederlandstalige bijbel. Jacobs zoon, Timotheus, treedt in zijn voetsporen. Hij is predikant in Ouderkerk aan de Amstel en Boxtel, maar op beide plaatsen maakt hij zich onmogelijk. Kleinzoon Jacob Rolandus bekeert zich als minderjarige tot het katholieke geloof en vlucht op een nacht naar Antwerpen, achternagezeten door zijn vader. Daar treedt hij in bij de jezuïeten en vertrekt als missionaris naar Brazilië. Een ramp die zijn ouders nooit te boven komen.
Craig Harline laat in deze meeslepende familiesaga zien dat het leven in de 'verdraagzame' zestiende- en zeventiende-eeuwse Noordelijke en Zuidelijke Nederlanden veel minder veilig was dan doorgaans wordt aangenomen.