Sergeant Manon Leclerc is een getalenteerd fotografe die als fotojournaliste werkt voor de Franse marine. Door haar eigenwijze karakter en haar geestdrift komt ze regelmatig in gevaarlijke situaties terecht, waardoor ze in conflict komt met haar meerderen. Achter haar gedrag gaat echter een pijnlijke herinnering schuil.
Manon wordt naar de Perzische Golf gezonden en gestationeerd op het vliegdekschip Charles de Gaulle, dat deelneemt aan de acties tegen Islamitische Staat. Ze wordt gekoppeld aan onderofficier Gilles Toulouse, een voormalige commando. Zijn karakter is compleet tegengesteld aan dat van de jonge vrouw en bij hun eerste dagen samen komen ze regelmatig stevig met elkaar in botsing. Als bemanningslid van het immense fort van de zee is Manon getuige van vliegmissies boven Syrië en Irak. Bij een van die missies kruisen de Rafale-piloten het pad van een mysterieus spookvliegtuig.
Via de avonturen van Manon laat 'Bij de Marine' je kennismaken met de wereld van de Franse marine. Maak van dichtbij de missies mee die aan de marine zijn toevertrouwd: militaire interventies in conflictgebieden, ondersteuning van de lokale bevolking, evacueren van Franse onderdanen en acties om de vrede te bewaren in samenwerking met andere landen en legeronderdelen.